Широкото използване на ваксините е придружено от много опасения относно тяхната безопасност, възможни неблагоприятни влияния и дългосрочни странични ефекти.

Винаги е добре и дори оправдано да бъдете загрижени и да търсите информация относно медицинските проблеми като цяло, и  по -  специално по отношение на ваксините. Ние, обаче, силно препоръчваме да следвате информация от надеждни източници и водещи здравни организации като Световната здравна организация, Европейската агенция по лекарствата, Американската академия по педиатрия и др. Електронните медии са затрупани с информация, че голяма част от ваксините са без научни основания и понякога дори има умишлено неверни и „фалшиви“ послания.

Много е важно да се прави разлика между „причина“ и „съвпадение“. В много случаи, когато две събития се случват едно след друго, няма причина  да се смята, че първото събитие е причинило второто.

Такъв е случаят с няколко неблагоприятни събития, които могат да се случат след ваксинация: трябва да помним, че много от генетичните заболявания и отклонения в развитието се появяват през първите две години от живота. Това е и времето, когато се правят повечето ваксини. Много е примамливо да се вярва, че ваксината е причинила заболяването. Трябва обаче да разберем дали това е било съвпадение или наистина е имало причинноследствена връзка. Поради това са направени много огромни епидемиологични проучвания с няколко метода за изследване в различни страни, с различни изследователи.

Преобладаващите доказателства дават много ясно послание, че ваксините са много безопасни и не причиняват сериозни заболявания.